ووندر یازده سال دارد. کتابچه ای دارد به اسم دروازه ی میراکل که در آن تمام داستان‌ها و اتفاق‌های غیرعادی را می‌نویسد، خاطراتی را ثبت میکند که معجزه‌اند. داستان‌هایش را از روزنامه ها یا مردم دوروبرش پیدا میکند. او به معجزه اعتقاد دارد. اما وقتی خواهر هشت روزه‌اش می‌میرد، اعتقادش را از دست می‌دهد. چون می‌داند خواهرش دیگر هرگز زنده نمی‌شود و برنمی‌گردد. چون افسردگی و ناامیدی پدرومادرش را می‌بیند. بعد با دختری به اسم فای آشنا می‌شود که او هم پدربزرگش را از دست داده است. آنها خانه‌ای متروکه در کنار گورستان پیدا میکند که پیرزنی اسرارآمیز در آن زندگی میکند که احتمالاً جادوگر است. پیرزن از آنها کمک می‌خواهد، می‌گوید نامه‌هایش را به دست افراد خاصی برسانند. ووندر صاحب خیلی از نامه‌ها را می شناسد، زیرا کسانی هستند که خودش قصه ی معجزه‌ی آنها را در دفترچه‌اش ثبت کرده است. پس از آن جادوگر بچه‌ها را برای پیدا کردن شاخه‌ی درختی به سفری پرماجرا می‌فرستد، درختی که در گورستان کاشته می‌شود و برای ووندر و فای و تمام اهالی شهر که عزیزی را از دست داده اند، تسکین دهنده و آرامش‌بخش است
